نشأت جامعة الإمام جعفر الصادق (ع) عام 2004م، وقد أسست وفق قانون الكليات والجامعات الأهلية في العراق، رقم (13) لسنة 1996م المعدل، وذلك باسم مؤسسة دار الإسلام الخيرية، باعتبارها الجهة المعتمدة والمسؤولة عن رعاية هذه الجامعة وإدارة شؤونها حسب القانون. وبناء على ذلك تم الإعتراف بالجامعة من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي، في 3/8/2008 ، بعد مصادقة مجلس الوزراء عليها بجلسته الاعتيادية بتاريخ 2/1/2008. وقد بدأت الجامعة بثلاث كليات في موقعها الرئيس ببغداد، وموقعين بديلين في محافظتي النجف الأشرف وميسان، وأنطلقت تؤدي رسالتها ببضع مئات من الطلبة والطالبات، وبعد العمل الجاد، والجهد المتواصل، أصبحت اليوم لها خمسة فروع جديدة أخرى، في المحافظات: المثنى، وذي قار، وصلاح الدين، وديالى، وكركوك.

وبهذا تكون جامعة الإمام جعفر الصادق (ع) أكبر جامعة أهلية في العراق على الإطلاق.

ومما يؤكد تطور العملية التعليمية في الجامعة، هو أنها بدأت تقطف ثمار ما غرسته سريعا، فقد عاد طلبتها الذين تخرجوا فيها ليصبحوا مدرسين فيها بعد أن أكملوا دراساتهم العليا (الماجستير) و(الدكتوراه) وتفوقهم على أقرانهم من الجامعات الأخرى، ليتطلعوا نحو البناء والتقدم، ويساهموا في رسم آفاق المستقبل للجامعة.